Карина, посмотрите, что было написано при записи. Обычно там галочка о согласии с условиями и ссылка на правила. Если там срок сутки, а вы предупредили за двое, то по их же правилам предоплату должны или вернуть, или перенести на другую дату, на ваш выбор.
Я бухгалтер, у нас такие вещи всегда идут по документам, поэтому попросите ответ не по телефону, а письменно, на почту клиники. Чаще всего после письменного вопроса всё решается быстро, администратор по телефону мог просто перепутать. Если переносить вам удобно, попросите подтвердить письмом, что 1000 засчитают в следующий визит, и сохраните это письмо.